Dans les mois qui suivirent la mort des Frères, plusieurs moines trappistes furent volontaires pour essayer de reconstituer une communauté autour du « petit reste » d’Alger : Père Amédée. Ils venaient d’Espagne –F. Ventura- , de Pologne –F Mikaël, dominicain d’origine- , du Chili –F Francisco- , de France (Aiguebelle) –F Jean Pierre Flachaire - et France (Tamié) –F Jean Michel-. L’abbé d’Aiguebelle, Dom André Barbeau, les reçoit, organise leur installation en Algérie et va régulièrement les visiter.
Ces 6 moines, dont les stabilités ne sont pas à N.D. de l'Atlas (sauf P Amédée), sont considérés à ce stade comme une cellule détachée de l’abbaye d’Aiguebelle. L’annexe de Fés porte désormais seule le nom de prieuré N. D. de l’Atlas ; P Jean Pierre Schumacher ayant atteint la limite d’âge, P Jean Pierre Flachaire en est élu supérieur. F. Jean Claude, moine de Cîteaux, renforce alors le groupe d’Alger et en assure la charge.
Mais, en Algérie, la violence et les massacres sont toujours présents dans la région et les 6 moines n’obtiennent pas des autorités algériennes l’autorisation d’une installation à Tibhirine ; ils résident alors à Alger, prés de N D d’Afrique, dans l’ancien appartement du cardinal Duval, et essayent de monter le plus souvent possible à Tibhirne toujours sous un étroit contrôle de gendarmerie et sans avoir le droit d’y coucher.
Début 2000, une accalmie parait se dessiner ; les moines peuvent coucher de temps en temps à Tibhirine ; en mars 2000, le jour de l’Annonciation, F Francisco, devant Mgr Teissier et Dom André, prononce ses vœux définitifs dans la chapelle de Tibhirine pleine à craquer et sous l’œil fraternel des voisins musulmans conviés ensuite à un couscous géant. La célébration de Pâques dont la première partie hors de la chapelle se déroule en présence des voisins est un nouveau signe d’espoir et les Frères plantent plusieurs centaines de pommiers pour assurer leur subsistance dans une optique de réinstallation.
Hélas, les massacres sont toujours là, une famille de 5 personnes est tuée à quelques centaines de mètres du monastère, les contraintes imposées par la gendarmerie vont de plus en plus à l’encontre de ce que veulent vivre les moines, toute vie monastique normale est quasi impossible et s’obstiner risque de mettre en danger les voisins moins protégés. Dom André Barbeau en accord avec l’abbé général décide alors avec tristesse d’arrêter cette tentative et les trappistes quittent la terre d’Algérie.
Père Amédée rejoint alors le prieuré de l’Atlas au Maroc ; celui-ci, en 2001, abandonne la maison mal commode de Fès pour s’installer à Midelt au pied du haut Atlas, dans un ancien orphelinat, petit bâtiment simple et tout en rez de chaussée, bien adapté à une petit nombre de moines et d’hôtes et situé au cœur d’une population ayant déjà une tradition de relations confiantes et ouvertes avec des chrétiens, en l’occurrence les Franciscaines Missionnaires de Marie installées dans la région depuis prés de 70 ans. Ce monastère poursuit aujourd’hui dans la paix et la simplicité sa présence dans l’église du Maroc et au sein de son environnement. (cf chapitre N.D. de l'Atlas au Maroc ).
Quant à Tibhirine, après une période de transition, c’est le diocèse d’Alger qui le prend en charge. Un prêtre, agronome, de la mission de France, le Père Jean Marie Lassausse va donc assurer la triple tâche de poursuivre la culture des terres avec des collaborateurs du village, de conserver les liens avec les voisins et d’accueillir les visiteurs pèlerins très rares au début mais de plus en plus nombreux au fil des années.